DEPC BioChemica

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Diethylpyrocarbonat (DEPC) modifiziert Histidinreste in Proteinen zu N-Carbethoxyhistidin und führt dadurch u.a. zur Hemmung von Enzymen. Hydroxylamin entfernt die Carbethoxygruppe wieder (4). Insbesondere die Hemmung von RNasen ist von Bedeutung da erst dadurch die Isolierung von großen RNAs möglich wurde. DEPC reagiert allerdings auch mit Adenosin in einzelsträngigen Nukleinsäuren (3) und Purinen in Z-DNA (5) bzw. B-DNA (6).Zur Behandlung von Wasser mit DEPC, gibt man 1 ml DEPC in 1 Liter bidest. Wasser (0,1% DEPC v/v) und rührt über Nacht. Durch Autoklavieren bei 20 psi für 20 Minuten wird DEPC inaktiviert. DEPC reagiert mit Wasser unter Hydrolyse zu Ethanol und CO₂. Es ist in wässrigen Puffern begrenzt löslich (Löslichkeit in Wasser maximal 40 mM). Reines DEPC hat eine Konzentration von 6,9 M (4). Verdünnungen wurden z.B. in wasserfreiem Ethanol oder Acetonitril zu einer Stocklösung von 10 mM gemacht (4). Beim Autoklavieren von DEPC-behandelten Lösungen wird DEPC vollständig zersetzt, auch wenn der charakteristische Geruch erhalten bleibt (2). Da DEPC Histidin und Tyrosin-Reste acyliert, sollten entsprechende Reagenzien, wie Tris, nicht direkt mit DEPC behandelt werden. Tris inaktiviert DEPC!Achtung: DEPC ist gesundheitsschädlich. Dämpfe sollten nicht eingeatmet und Hautkontakt vermieden werden! DEPC kann Augen und Schleimhäute schädigen! In Verbindung mit Ammonium-Ionen (z.B. Ammoniumacetat bei Nukleinsäure-Fällungen) entsteht das starke Karzinogen Ethylcarbamat (3).

Literature

(1) Summers, W.C. (1970) Anal. Biochem. 33, 459-463. Eine einfache Methode zur Extraktion von RNA aus E. coli mit DEPC. (2) Berger, S.L. (1975) Anal. Biochem. 67, 428-437. DEPC: Eigenschaften in gepufferten Lösungen. (3) Ehrenberg, L. et al. (1976) Progr. Nucl. Acid Res. Mol. Biol. 16, 189-262. Diethylpyrocarbonat in der Nukleinsäure-Forschung. (4) Miles, E.W. (1977) Methods Enzymol. 47, 431-442. Modifikation von Histidin-Resten in Proteinen mit DEPC. (5) Herr, W. (1985) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82, 8009-8013DEPC als chemisches Agens zur Untersuchung der DNA-Struktur. (6) McCarthy, J.G. et al. (1990) Biochemistry 29, 6071-6081. Reaktivität von DEPC mit B-DNA.